有机物在反渗透膜表面上的吸附会引起膜通量的损失，特别严重的情况下会出现不可逆的通量损失。当高分子量的有机物是憎水性的或带正电荷时，这种吸附过程更易进行。当pH>9时，反渗透膜表面及有机物均呈负电荷，因而，高pH值将有利于防止有机物污染。但以乳化态出现的有机物会在膜表面形成有机污染薄层，引发严重的膜性能衰减，须在预处理部分除去。
在天然水体中存在的有机物主要为腐植酸类物质，其以TOC含量计通常在0.5至20mg/L，当TOC超过3mg/L时，反渗透膜预处理部分应作专门的脱除有机物的考虑，腐植酸物质可以采用含氢氧根类絮凝剂的絮凝过程、超滤膜等方法除去，请参阅《陶氏超滤膜作为反渗透膜预处理的优势》关于预防胶体和颗粒类污堵方面的信息。
当进入反渗透膜的进水中油(碳氢化合物或硅基类)和油脂含量超过0.1mg/L时，须采用絮凝或活性炭过滤。这些有机物质会随时吸附到膜表面上，然而，如果由此引起的通量值下降不超过15%时，它们能被碱性的清洗剂清洗掉。
在反渗透膜废水处理应用中，脱除和浓缩有机物是主要目标，有机物含量即使在百分数范围内仍可以进行处理，这要取决于有机物的种类，而且需要针对每一个具体的对象进行现场试验。请参阅《带你了解陶氏反渗透膜元件脱盐率相关知识》估计有机物和其它化合物脱除特性的相关资讯。
