在反渗透膜系统的第一段和最后一段常常发生硅酸铝的污堵，低浓度的铝（例如50ppb）就会引起系统性能的下降，原因如下：
1)铝会与硅反应，即使硅浓度较低（10ppm）同样会导致反渗透膜硅酸铝污堵，因此在预处理部分使用含铝的化合物将显著地增加铝污堵的风险，此时，建议不要使用含铝的产品，而是使用含铁的产品。
2)低pH（<7）将影响铝的溶解度，根据原水组成，只要不会形成反渗透膜碳酸垢污染，建议系统运行pH在7~9之间。
3)聚合物类阻垢剂（如丙烯酸类）对铁和锰等重金属更为敏感，因此选择适宜的阻垢剂十分重要，否则，阻垢剂就会失去作用（即阻垢剂本身中毒），从而出现反渗透膜的结垢现象或出现阻垢剂本身的污堵。阻垢剂本身的污堵产物将会成为微生物的养份，进而发生反渗透膜生物污染。
4)微细淤泥/砂粒，处理部分应当设置超滤膜或微滤膜以除去淤泥/砂粒，有时还需要使用絮凝剂让它们变大以提高微滤膜/超滤膜的脱除效率。
当不在反渗透膜原水中投加絮凝剂和阻垢剂时，一般允许进水中铁、锰和铝的指标如下：
注：由于絮凝剂和材料腐蚀也会引起反渗透膜铁和铝的污堵，须在进水或出水中分析这些离子的含量。
