膜系统设计的影响因素是原水的潜在污染趋势，原水中存在的颗粒和胶体会引起膜元件的污堵，并随着进水的逐渐浓缩而累积在反渗透膜表面，预处理后的产水其SDI与水中残留污堵物质的含量有相当好的对应关系，反渗透膜表面这些污堵物的浓度与膜系统的通量和回收率成正比，通量设计得越高的系统，将会出现更快速的污堵并需要更频繁的化学清洗措施。
设计膜系统时应该保证系统内每支膜元件都处于推荐的运行范围内，以便减少污堵，杜绝反渗透膜元件的机械损坏。
膜元件的运行条件范围包括：反渗透膜元件的高回收率限度、通量限度、浓水流量底限和进水流量限度，原水潜在污染越高，就应该越严格执行上述运行参数，设计导则所推荐的运行限度是基于许多年FILMTEC™陶氏膜元件的运行经验。
整个膜元件平均通量与系统内反渗透膜元件的总有效膜面积有关，是设计的特征参数，便于设计者快速的估算出某一新系统所需膜元件的数量，原水水质好可以采用较高的设计通量而原水水质差则应该采用较低的设计通量，当然，即使是在同一类的水质条件下，关注点在初期投资的话，可以选择较高的设计通量值，而关注长期运行成本的话，应该尽量选择较低的设计通量值，设计导则中所列的通量值及其范围，是绝大多数反渗透膜系统设计时所选的典型取值，但并不代表不能超过该范围。
设计导则中的建议参数是基于设计考虑周全、运行管理良好、每年进行4次化学清洗且为连续运行模式这样的假设，如果超过所建议的参数范围将会产生更频繁的化学清洗，产水量会快速下降，进水压力会增加，反渗透膜的寿命会缩短，进而增加系统的故障率和运行成本。
