从腐蚀的观点来看，纳滤膜系统的运行环境普遍比较恶劣，因此其建造材质须具备相当程度的抗腐蚀性，包括暴露于有飞溅、潮湿和含盐雾中的设备外表面及接触不同水质的纳滤膜系统内表面。
如果不低估纳滤膜系统外表面的腐蚀问题时，一般采用表面涂层（如上油漆或镀锌等）对可能会腐蚀的材质如低碳钢和铸铁做防腐处理，或建立一套定期冲洗、清洗和补漏等维修计划。
选择内部与溶液接触的材质才是一件更复杂的工作，所选用的材质除了须承受纳滤膜系统的运行压力、振动及温度等变化之外，还须能够抵抗进水及浓水中的氯离子的腐蚀，产水低pH值对管路的腐蚀以及纳滤膜清洗化学药品的腐蚀等。
腐蚀产物会造成纳滤膜的污堵，加快膜的非正常降解，因此从预处理系统开始，设计者一定要重视防备系统所有过流部分的腐蚀问题，须选择由耐腐蚀材料制作的管道、仪表、阀门、水泵、过滤设备、水箱和储槽等。根据不同部件的使用特点以及纳滤膜系统原水和产水水质的特点，可使用塑料、不锈钢、钢衬胶或钢衬塑和玻璃钢复合材料等。
就反渗透膜或是纳滤膜本体而言，高压泵、高压管路及保安滤器材质均应选用不锈钢，而产品水输送管和储槽一般采用非腐蚀的PVC、UPVC、ABS工程塑料和玻璃钢复合材料等，而选择衬胶管线通常不是现实，因为纳滤膜系统本体通常采用紧密的管线设计，而且需要使用不少的联接件与配件。
