在《ro反渗透膜系统停机问题汇总》中介绍了停运一个RO反渗透膜系统的程序，同样适用于纳滤膜系统，纳滤膜元件在系统停运48小时以上时，也须进行保存处理，以防止微生物的生长，根据过去系统运行的历史经验，几乎所有系统的膜元件在停用或保存前均应进行化学清洗，当已知膜有污染或怀疑有污染的情况时这一步骤更加重要。
以下为纳滤膜系统停运时的保护措施，在清洗之后的10小时之内，须实施如下的保护措施：
1. 将纳滤膜元件浸没在1~1.5%SMBS保护液中，并将空气从压力容器内赶走。建议采用溢流技术，通过循环SMBS溶液，使系统内的残留空气最少，才算完成循环；
2. 关闭所有阀门以防止空气与保护液接触，因为这样的接触会氧化SMBS；
3. 每周检查一次保护液pH值，当pH低于3时，应更换保护液；
4. 每月更换一次保护液。
在停运期间，须防止纳滤膜系统结冰，最高温度不可超过45℃，满足上述条件时，保存环境温度越低越好。
用过的废元件可以按照一般市政废物处理，只要纳滤膜组件满足下述条件：
1、元件内不含保护液或其它有毒液体；
2、膜面上不存在有毒物质（如果纳滤膜元件用于废水处理时）。
