纳滤膜系统设置膜性能的在线监测，在每个系列的每个支架上均安装流量、压力和电导率传感器，实时自动计算纳滤膜的进水量、产水量和水头损失等。
所有纳滤膜系列的计算也可以实时在线进行，上一级即第二级控制，是一个监管整个水处理设备的中央处理装置，它们从下一级即第一级的控制器收集数据，并可以以图表的形式打印出历史数据。
膜系列过程控制第一级结构示意图
此外，纳滤膜装置的每个系列还设有独立的控制系统，它们管理着该系列传感器的测量和计算，8个系列的8台控制系统受中央故障-安全a控制系统的监管（如上图所示），这个中央控制系统根据总产水量来进行协调各系列之间的运行关系，当执行清洗时，另一个故障-安全控制系统监管8个系列的8台控制系统。
纳滤膜的渗透水量被标准化到25℃（77℉），根据每个支架上的产水和浓水安装的电导率仪进行计算，并考虑了膜两侧的渗透压。水头损失系数对应于考虑了流量波动之后由潜在纳滤膜的污堵引起的水头损失，计算值也被标准化到25℃。
根据标准化后的渗透水量的损失百分数或水头损失增加的百分数，激活污堵的设计极限值。
纳滤膜系统的控制系统将计算渗透水量两种极限值：即根据清洗后每段开始投运条件下的水通量损失率和根据系列最初投运时为基准的水通量下降计算值。
这样的计算结果将让操作者获得每个系列装置在其每一个产水---清洗周期内的纳滤膜堵塞程度，可以评估膜以总产水量计随时间的变化趋势，并有可能估算出清洗操作的效率。当任一系列达到上述任一限制值时，该系列控制系统就会发出清洗本系列的命令，启动清洗的条件是产水量下降25%或任一段标准压力增加25%。
