冲击杀菌处理方式是在有限的时间段内以及反渗透膜水处理系统正常操作期间，向反渗透膜的进水中加入杀菌剂，亚硫酸氢钠常常被用于这种处理目的，有一般情况下，500~1,000ppm的NaHSO3加入30分钟左右即可。
冲击处理可以按固定的时间间隔周期性地进行，例如每隔24小时一次，或怀疑反渗透膜系统出现生物滋生时处理一次。但是这种处理方法的有效性有待印证。在这种冲击处理期间反渗透膜所产的产水会含有所加入的亚硫酸氢钠浓度的1~4%。根据产水的用途，可以决定是否应将冲击杀菌期间的产水回收还是排放掉，亚硫酸氢钠对需氧的细菌比对厌氧的微生物更有效。因此，反渗透膜系统采用冲击杀菌处理应事先经过仔细评估。
除了连续地向反渗透膜原水加入杀菌剂外，也可以定期对系统消毒以控制生物污染。这种处理方法用于存在中等生物污染危害的反渗透膜系统上，但在有高度生物污染危害的系统，消毒仅是进行连续杀菌剂处理的辅助方法。
进行反渗透膜的预防性消毒比进行纠正性杀菌更为有效，因为孤立附着的细菌比厚实、老化的生物膜要容易被杀死和清除掉。
一般的消毒间隔是每月一次，但有严格卫生要求的反渗透膜水处理系统（如制药工艺用水）和高污染原水（例如废水）也许会每天一次，当然反渗透膜的寿命受到所用化学品种类、浓度的影响，经过强烈的消毒，可能会缩短膜寿命。
